現代康復部包括運動治療區、作業治療區、骨康復區、言語治療室、器械運動大廳和感覺綜合訓練室等。

傳統康復部可開展針灸、推拿、艾灸、放血療法、火罐以及刮痧等傳統康復治療項目。

高壓氧治療是一種通過在高氣壓環境中吸入高濃度氧而達到治療疾病目的的手段。1964年，高壓氧就已經開始作為顱腦損傷的常規治療，并納入了國內外的各種指南。之后，急性腦梗、末梢神經系統疾病及一些頭痛、睡眠障礙、抗衰老，都廣泛應用高壓氧治療。

大連世紀方舟康復醫院高壓氧治療中心，引進全自動空氣高壓氧艙，可一次性滿足12人同時治療，也可以分艙治療。高壓氧對急性一氧化碳中毒及中毒性腦病、急性氣栓癥、急性減壓病、有害氣體中毒、厭氧菌感染、休克、視網膜動脈栓塞、心肺復蘇后急性腦功能障礙、腦水腫等有治療與輔助治療的作用。同時，針對非急性癥狀，如冠心病、快速心率失常、心肌炎、支氣管哮喘、腦外傷、植物癥狀、多發性硬化、骨髓炎、骨折及愈后不良、無菌性骨壞死、突發性耳聾、糖尿病及其并發癥、慢性心功能不全、自身免疫性疾病、老年性癡呆等也有不同程度的治療和輔助治療的作用。

物理因子部可開展中頻治療、低頻治療、微波治療、超聲治療、腦電反饋、氣壓治療、泥療、蠟療、磁療以及中藥熏蒸等物理因子治療項目。